Er war am 10. November 1748 zu Simmersdorf bey Schlüßelfeld geboren, der Sohn eines Totengräbers, und am 10. May 1792 zum Priester geweiht. Nachdem er zu Würzburg die neue Einrichtung der deutschen Schulen und des Schullehrer-Seminariums kennen gelernt hatte, wurden durch ihn viele würdige Schulmänner und Schulfrauen für das Bistum Bamberg in der neuen Lehrart ausgebildet.
Der berühmte Fürstbischof Franz Ludwig war mit den Fortschritten, welche das Schulwesen unter der Leitung Gerners gewann, so zufrieden, daß er ihm eine Stiftspfründe zu St. Jacob in Bamberg verlieh, und ihn auf seinen Kirchenvisitationen gewöhnlich an seiner Seite hatte.
Im Jahre 1791 wurde Gerner zum fürstlichen Hofkaplan mit Sitz und Stimme bei der Schulkommission, dann zum Konsistorial-Assessor und geistl. Rate, endlich 1798 zum Pfarrer und Stadtdekan in Amberg ernannt, wo er über 15 Jahre auf das segenreichste und unermüdlichste wirkte, denn meist predigte und katechisierte er selbst, obwohl sein Bamberger Dialekt dem Volke nicht besonders zugesagt haben soll. Sogar noch an dem Tage, an welchem ihn eine völlige Entkräftung befiel, hielt er noch vormittags Amt und Predigt und besuchte Nachmittags das Militärspital. Er starb am Typhus, welchen er sich bei dieser Gelegenheit im Lazarett zugezogen hatte. Er ist auch der Verfasser einiger Erbauungsschriften.
Ein einfaches Grabmal auf dem Gottesacker zur Hl. Dreifaltigkeit, von seinen Erben ihm gewidmet, denen er ein bedeutendes Vermögen hinterlassen haben soll, enthält ein wenigen Zeilen einer kaum mehr leserlichen Grabschrift den reichen Umfang seines christlichen Wirkens.